Từ giai đoạn này, chương trình 135 chỉ là một dự án của chương trình mục tiêu quốc gia về giảm nghèo bền vững. Căn cứ pháp lý là Quyết định 1722/QĐ-TTg ngày 2 tháng 9 năm 2016 của Thủ tướng Việt Nam. Ngoài 135, chương trình giảm nghèo bền vững còn dự án thành phần quan trọng nữa là Chương trình 30a (hỗ trợ huyện nghèo) và ba dự án hỗ trợ khác. Chương trình 135 khi này có 3 tiểu dự án, gồm:

1. Hỗ trợ đầu tư cơ sở hạ tầng cho các xã đặc biệt khó khăn, xã biên giới, xã an toàn khu, các thôn, bản đặc biệt khó khăn
2. Hỗ trợ phát triển sản xuất, đa dạng hóa sinh kế và nhân rộng mô hình giảm nghèo các xã đặc biệt khó khăn, xã biên giới, xã an toàn khu, các thôn, bản đặc biệt khó khăn
3. Nâng cao năng lực cho cộng đồng và cán bộ cơ sở các xã đặc biệt khó khăn, xã biên giới, xã an toàn khu; thôn bản đặc biệt khó khăn